LAZ Balqis Peduli didirikan oleh Yayasan Balqis Karya Indonesia (BAKI), Yogyakarta. Yayasan ini berdiri pada tahun 2020, dengan no akta notaris No. 01 Tanggal 18 Agustus 2020 dan dengan Nomor Kemenkumham
AHU-0014362.AH.01.04. tahun 2020. Kata "BALQIS" sendiri merupakan akronim dari kalimat
Baitul Qur'an Islamic School, sebuah pondok pesantren di Gunungkidul yang diasuh oleh Dr. Muslih Abdul Karim, Lc, MA. Pesantren ini mempunyai visi "Melahirkan Generasi Qur'ani Yang Berprestasi, Berakhlaq Islami dan Berwawasan Global". LAZ Balqis Peduli pada dasarnya adalah gerakan filantropi dari Pesantren BALQIS. Sejarah berdirinya LAZ Balqis Peduli diawali dengan adanya walisantri yang menitipkan dana infak atau sedekah ke pesantren untuk disalurkan kepada yang membutuhkan. Semakin lama jumlah walisantri yang menitipkan dana tersebut meningkat, terutama di Bulan Ramadhan. Peningkatan animo walisantri inilah yang membuat Yayasan Pesantren Balqis tergerak untuk menyusun satu program kerja sosial yang diberi nama Balqis Peduli. Balqis Peduli mempunyai beberapa agenda kerja, diantaranya yang sudah berhasil dijalankan sampai tahun 2020 adalah pengadaan air bersih di Kec. Rongkop, pemberdayaan konveksi masyarakat di Desa Playen, wakaf Al-Qur'an, program anak asuh, beasiswa santri dhuafa, santunan masyarakat dhuafa, pemberdayaan ekonomi masyarakat sekitar pesantren melalui program laundry santri, dll. Seiring berjalannya waktu dan kebutuhan untuk mengurus amanah ini semakin besar, maka diperlukan suatu lembaga dibawah naungan yayasan baru dan terpisah dari yayasan pesantren. Yayasan ini diberi nama Yayasan Balqis Karya Indonesia yang kedepannya akan menaungi Lembaga Amil Zakat (LAZ) Balqis Peduli. Alhamdulillah, pada tahun 2021 LAZ Balqis Peduli dapat beroperasi secara resmi setelah mendapatkan legalitas dari Kemenag Kanwil D.I. Yogyakarta dengan
SK. No 513 Tahun 2021.
Kami sangat berharap dengan berdirinya LAZ Balqis Peduli ini mampu memberikan impact sosial, ekonomi, pendidikan serta dakwah islam di Bumi Handayani. Dengan budaya kerja profesional dan amanah serta memegang prinsip keterbukaan (transparan), LAZ Balqis Peduli berusaha mengembangkan diri menjadi Lembaga Zakat terpercaya. Sehingga seiring waktu, kepercayaan publik semakin menguat. Kemudian dengan semangat kreativitas, inovasi dan melek IT, LAZ Balqis Peduli berusaha menthashorufkan dana amanah dengan sebaik-baiknya.